Immer mehr einsetzende Einberufungen machten es dem Club fast unmöglich, die 1. Mannschaft antreten zu lassen. In den Jahren 1941-1945 konnte von einem Spielbetrieb wohl nicht mehr gesprochen werden. Lediglich die Jugendmannschaft hielt den Spielbetrieb einigermaßen aufrecht. Einen herben Verlust betrauerte der Club 1944 durch den Tod seines 1. Vorsitzenden Rudolf Knoll. Er stand nicht weniger als 11 Jahre an der Spitze des Fußball – Clubs. Am 17. Februar 1946 erfolgte wieder eine durch die Kriegswirren unterbrochene Neuwahl der Clubleitung mit dem 1. Vorsitzenden Georg Schmid. Es wurde eine 1. und 2. Mannschaft aufgebaut. Selbst die “Alten Herren” zogen wieder ihre Fußballstiefel an.
1947 wurde mit hohem Kostenaufwand eine 80m lange Stehtribüne errichtet. Außerdem erfreute eine neu angelegte, moderne Lautsprecheranlage die Besucher mit Durchsagen und Schallplattenmusik. 1948 wurde die Erstellung eines clubeigenen Heimes mit Platzwartwohnung in Angriff genommen. Die Jugendmannschaft erreichte das Endspiel um die Bayer. Jugendmeisterschaft und verlor im Grünwalder Stadion gegen Bayern München mit 0:8 Toren.
Im Jahre 1949 wurde das neue Clubheim seiner Bestimmung übergeben. Die 1. Mannschaft holte unter Trainer August Michl die Kreis-Meisterschaft. Ungemeines Interesse brachten die Aufstiegsspiele zur Bayer. Landesliga. Ein Sonderzug brachte die 1. Mannschaft mit ca. 240 Schlachtenbummlern nach München zum Spiel gegen Cham, das in der Verlängerung 0:1 verloren wurde. Auch die zweite Möglichkeit gegen VfL Ingolstadt brachte eine 2:0 Niederlage. Das Jahr 1950 brachte mit Herrn Karl Sonnleitner einen neuen 1. Vorsitzenden. Die 1. Jugendmannschaft erreichte wie im letzten Jahr den Zugspitzmeistertitel.

Kreisliga-Meister 1948/49: (Penzbergs Mannschaft nach dem 2:0 Sieg gegen Wacker München in der 4. Pokalrunde auf dem BSC-Platz) Baumgärtner Albin, Meier Wilhelm, Steinbauer Jakob, Wallertshauser Andreas, Meier Helmut, Rüth Ernst, Müller Franz, Baumgärtner Loren, Schwarz Xaver, Baumgärtner Josef, Heindl Josef.

Das Bild zeigt die Kreisliga-Meister 1948/49: (Penzbergs Mannschaft nach dem 2:0 Sieg gegen Wacker München in der 4. Pokalrunde auf dem BSC-Platz) Baumgärtner Albin, Meier Wilhelm, Steinbauer Jakob, Wallertshauser Andreas, Meier Helmut, Rüth Ernst, Müller Franz, Baumgärtner Loren, Schwarz Xaver, Baumgärtner Josef, Heindl Josef.